Игра начинается с прибытия нового сотрудника F.E.A.R. в подразделение, где он проходит курс обучения и знакомится с Беттерсом, Янковски, Джин и Холидеем. Главный герой не успевает расписаться в контракте - его срочно вызывают на задание в порт. Там происходит что-то странное: неизвестные убивают людей, надо выяснить ситуацию (никакого упоминания Al до середины игры нет).

Одновременно с военными в порт проникает частная охрана «Армахем», которая ищет вице-президента компании Билла Моди. Их координирует, как позже выяснится, Нортон Мейпс. Военные тоже подключаются к поиску Моди: возможно, он важен и для них. Однако все охранники «Армакам Технолоджи» погибают от рук неизвестного противника, с которым вскоре сталкивается и отряд F.E.A.R. Лок Крониус добирается до убитого Моди. Джин выясняет, что над ним поработал некто, похожий на людоеда. Когда противник отступает, специалисты по останкам некоторых солдат выясняют, что все они - клоны, причём в экипировке, сделанной в «Армахем Технолоджи».

Почти сразу после этого неизвестные захватывают главный корпус самой корпорации, взяв в заложник несколько сотен человек. Позже выяснится, что большинство из них убиты и сброшены в лифтовые шахты. На месте гибели пропавшего отряда «Дельта» не только Лока Крониуса, но и Джин посещают галлюцинации: она замечает маленькую девочку. Холидей, потеряв при эвакуации Бишопа, отправляется на вертолёте в Оберн охранять Харлана Уэйда. Когда главный герой освобождает Элис, ей удаётся по передатчику связаться с отцом и договориться о встрече на старой пивоварне «Красный коготь». Элис сбегает туда на своей машине.

Вслед за ней летит Лок Крониус, но вертолёт сбивают, и приходится в одиночку добираться до группы Холидея. На пути появляются значительные силы клонов, которые охотятся за Харланом. Беттерс координирует перемещения отряда со спутника. Вскоре удаётся найти машину Элис, но самой девушки поблизости нет. На поиски отправляется Лок Крониус. Он приводит её живой и невредимой к отцу. Пока группа дожидалась вертолёт эвакуации, на неё напал Al и высосал мозги у Харлана Уэйда - теперь он знает, где Альма. В этот момент в видении главного героя является Al, который говорит, что он получит власть Альмы, если также высосет у неё мозги - это такая финальная «синхронизация».

Только после этого члены группы F.E.A.R, что Al и есть главная проблема. Теперь все силы брошены на его поимку. Мейпс проникает в «саркофаг», но его догоняет сам Al и требует достать Альму. Главный герой пытается помешать неизбежной трагедии. Однако Al давит на братские чувства и жалость к матери - «саркофаг» открыт. Впрочем, в нём оказывается лишь труп Альмы, что приводит Al в бешенство. Мейпс успевает спрятаться, и когда Al входит в камеру с матерью, программист запирает людоеда внутри. Главный герой получает совет от Мейпса взорвать «саркофаг», что он и делает.

В последних видениях Лок Крониус видит, как при рождении Харлан Уэйд называет его первым прототипом.